北斗神拳是三国时代创造出来的暗杀拳法，每代只传一人。故事发生在1935年黑道势力横行的上海。主角霞拳志郎是北斗神拳的主角拳志郎(二人的名字相同，或叫作拳四郎、健次郎)的伯父，北斗神拳第62代传人，人称阎王。拳志郎原本是东京的一所大学的讲师，他刻意把自己的能力隐藏起来，平时活像一个普通人(其外表打扮跟北斗神拳的主角有很大分别)。但后来青帮的朋友李永健到东京找他，并说他的朋友潘光琳及其妹潘玉玲(拳志郎的恋人)有麻烦之后，便只身启程到上海拯救他们。在三国时代，由于战乱，北斗神拳亦多分了三个流派，分别是北斗孙家拳,北斗曹家拳和北斗刘家拳。而当拳志郎到了上海，必须与三个流派的高手战斗，以维持他才是北斗神拳的正统。同时拳志郎亦必须帮助潘光琳的青帮对抗另一个作奸犯科的帮派红华会，以扩大在上海的势力。